Plongé dans ses souvenirs, Kenshin revit la fin de l'ère Meiji, au moment où les membres de l'armée gouvernementale de Satsuma et Choshin entraient dans Kyoto. Il revoit sa rencontre avec les Shinsengumi, les Loups de Mibu, la patrouille anti-impérialiste menée par Okita, le jeune chef de l'unité 3. Hantant ses pensées tout au long de la journée, ces souvenirs en tant qu'assassin baignant dans le sang déconcentrent Kenshin qui finira par se confier à Kaoru, redoutant qu'il s'agisse d'un mauvais signe. Soudain, Goro Fujita, un inconnu qui se prétend pharmacien de Tama, pénètre sans invitation dans le dojo Kamiya.

Cette Saison est avant tout un périple initatique, amenant chaque personnage à apprendre à se surpasser et à affronter ses peurs. Un saison beaucoup plus tournée vers le combat, avec comme seul grand ennemi Shishio...